Bètapartners valt onder de verantwoordelijkheid van de stuurgroep Bètapartners. Hier wordt het meerjarenbeleid, de bijdragen van de partners en de inzet van de financiële middelen bepaald. In de stuurgroep zijn alle betrokken partijen vertegenwoordigd: medewerkers van de bètafaculteit van de UvA, rectoren van de vo-scholen, medewerkers van de lerarenopleidingen van de VU, UvA en HvA en het bedrijfsleven vervult een adviesfunctie. Organisatorisch is Bètapartners ondergebracht bij de UvA. De UvA is ook penvoerder.